직원 14명 규모의 전자부품 제조업체 대표가 기업부설연구소 조건을 직접 점검한 뒤 신청서를 제출했지만, 전임 연구원 기준 미충족으로 보완 요청과 함께 사실상 반려 통보를 받았습니다.
인원 수는 맞았는데 겸직 여부가 문제였습니다.
연구전담부서와 기업부설연구소 중 어느 쪽이 현실적인 선택인지, 이노비즈 조건과 어떻게 연계되는지를 이 사례로 확인할 수 있습니다.
조건이 맞는다고 판단하고 신청했다가 반려되면 재신청까지 시간과 비용이 그대로 추가됩니다.

기업부설연구소 조건을 스스로 점검한 뒤 신청서를 제출했다가 보완 요청을 받는 경우가 꽤 많습니다.
인력 요건, 공간 요건, 업종 요건을 각각 확인했더라도 기준의 세부 해석이 달라서 탈락하는 사례가 반복됩니다.
기업부설연구소 설립 조건 맞다고 확인했는데 신청에서 안 된 사례

전자부품을 생산하는 직원 14명 규모의 중소 제조업체 대표가 기업부설연구소 조건을 직접 확인한 뒤 한국산업기술진흥협회에 신청서를 제출했습니다.
법인 설립 후 5년이 지났고, 업종도 제조업이라 대상에 포함됩니다.
이공계 학위를 보유한 직원 2명을 연구원으로 등록할 계획이었고, 사무실 내 별도 공간에 '연구소' 표찰도 붙였습니다.
그런데 서류 제출 후 보완 요청이 왔습니다. 전임 연구원 기준미충족이 이유였습니다.
해당 직원 2명이 생산관리와 품질검사 업무를 겸직하고 있었습니다.
연구 업무만 전담하는 인력이어야 하는데, 겸직 상태의 직원을 연구원으로 등록했던 것입니다.
"서류는 다 냈는데 왜 반려됐는지 처음에는 이해가 안 됐다"는 것이 당시 이 대표의 상황이었습니다.
인력·공간 요건, 어디서 탈락하는 경우가 많은가?

기업부설연구소 조건에서 인력 요건은 기업 규모에 따라 최소 연구 전담 인원이 다릅니다.
| 기업 규모 | 연구전담부서 | 기업부설연구소 |
|---|---|---|
| 소기업(상시 50인 미만) | 연구원 1명 이상 | 연구원 2명 이상 |
| 중기업(상시 50~300인 미만) | 연구원 1명 이상 | 연구원 3명 이상 |
| 중견·대기업 | 연구원 1명 이상 | 연구원 5명 이상 |
인원 수보다 더 자주 문제가 되는 것은 전담 여부 판정 입니다.
연구원으로 등록하려는 직원이 생산, 품질, 영업 등 다른 업무를 겸직하고 있으면 전담 인력으로 인정받지 못합니다.
겸직 여부는 4대 보험 신고 업무 분류와 근로계약서 직무 기재 내용으로 확인됩니다.
공간 요건에서는 독립된 연구 공간 확보가 필수입니다.
- 연구소 전용 공간이어야 하고 생산·사무 공간과 물리적으로 분리되어 있어야 합니다
- 별도 출입구나 칸막이로 구분되어 있더라도 공용 통로가 있으면 독립성 인정이 안 되는 사례가 있습니다
- 면적 기준 자체는 별도로 정해진 최솟값이 없지만, 실제 연구 활동이 가능한 규모여야 합니다
Q. 이공계 학위가 있으면 연구원으로 자동 인정되는가?
A. 학위는 연구원 자격 요건 중 하나입니다.
하지만 전담 여부가 함께 충족되어야 인정됩니다.
학위가 있더라도 겸직 상태면 연구원 수 산정에서 제외됩니다.
연구전담부서와 기업부설연구소, 이노비즈 조건과 함께 보는 기준

직원 14명 규모에서 기업부설연구소 조건을 충족하려면 연구 전담 인력 2명이 필요합니다.
반면 연구전담부서는 연구원 1명으로도 설립이 가능합니다.
두 인증의 혜택 차이는 아래와 같습니다.
- 기업부설연구소: R&D 세액공제 적용, 연구용 기자재 관세 면제, 정책자금 신청 시 가점 부여
- 연구전담부서: R&D 세액공제 동일 적용, 관세 면제는 일부 품목 제한, 정책자금 가점은 연구소 대비 낮음
이노비즈 조건과의 연계도 함께 봐야 합니다.
이노비즈 인증을 받으려면 기술혁신 역량을 평가받아야 하는데, 기업부설연구소 또는 연구전담부서 보유 여부가 평가 점수에 반영됩니다. 연구소를 보유한 기업과 그렇지 않은 기업 사이에 이노비즈 심사 점수 차이가 생깁니다.
앞서 언급한 제조업 대표는 이 차이를 확인한 뒤 기업부설연구소 대신 연구전담부서로 방법을 바꿔 신청을 진행했습니다.
겸직 직원 1명의 업무를 재편해 연구 전담으로 분리하는 것이 현실적으로 가능했기 때문입니다.
한국중소기업진흥원이 인증 신청 전에 먼저 확인하는 항목

저희 한국중소기업진흥원에서 기업부설연구소 또는 연구전담부서 인증 컨설팅을 진행할 때 가장 먼저 확인하는 것은 현재 직원 구성과 업무 분장입니다.
단순히 인원 수만 보는 것이 아니라, 연구원으로 등록 예정인 직원의 근로계약서와 4대 보험 신고 내역을 함께 봅니다.
서류 제출 전에 전담 여부 판정에서 문제가 될 소지를 먼저 걸러내는 방식으로 진행합니다.
공간 요건은 현장 사진과 도면을 받아 독립성 인정 가능 여부를 사전에 판단합니다.
인증 이후 연계할 수 있는 지원도 함께 설계합니다.
기업부설연구소 인정을 받은 뒤 중진공 정책자금 신청이나 이노비즈 인증 심사에서 어떤 가점이 적용되는지, 법인세 절세 측면에서 R&D 세액공제를 어떻게 활용할 수 있는지까지 경영진단 단계에서 함께 확인합니다.
비상장주식 가치평가 방법이나 가지급금 정리처럼 인증 외 경영 이슈가 함께 있는 경우에도 재무제표를 기반으로 이슈를 한 번에 진단하는 방식으로 진행합니다.
인정 이후 자격 취소, 반복되는 관리 실수

기업부설연구소 인정을 받은 뒤 자격이 취소되는 사례에서 반복되는 경우가 있습니다.
가장 많은 것은 연구원 인원 변동 미신고 입니다.
연구원으로 등록된 직원이 퇴사하거나 부서가 바뀌었을 때 변경 신고를 하지 않아 사후 점검에서 걸리는 경우입니다.
인정 이후에도 인원 유지 요건을 계속 충족해야 합니다.
인정 후 확인할 항목을 정리하면 아래와 같습니다.
- 연구원 퇴사·부서 변경 시 30일 이내 변경 신고
- 연구 공간이 다른 용도로 전용되지 않도록 유지
- 연구개발 활동 실적(연구노트, 연구비 지출 내역) 보관
- 매년 실태조사 시 제출 자료 준비 상태 확인
인정 후 관리가 제대로 안 된 상태에서 실태조사가 나오면 보완 기회 없이 취소로 이어지는 경우도 있습니다.
저희 한국중소기업진흥원에서는 인증 이후 사후 관리까지 지원하고 있습니다. 기업부설연구소 조건 충족 여부부터 신청 서류 준비, 인증 이후 관리까지 확인이 필요하다면 공식 홈페이지(kspa.co.kr)에서 상담 신청을 하실 수 있습니다.
📌 한국중소기업진흥원
📍 서울 마포구 마포대로 130 5층
📌 오시는 길
